Se desconoce la fecha exacta en la que se creó el tercio de San Juan dentro de la Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno, aunque parece comprobado que fue uno de los primeros con que contó ésta, tanto en su primera fundación en el siglo XVI, como en la del XVII, en donde empezó a ser conocida con el popular nombre de MARRAJOS, por ser costeada su primera salida con la venta de un escualo de esta especie, pescado en la Azohía. Los hermanos marrajos de San Juan comenzaron a agruparse en 1926, corriendo con los gastos de la salida de San Juan en las procesiones marrajas. En la actualidad cuenta con más de un millar de hermanos.

Los fines de la Agrupación son los de rendir culto a nuestro Titular, el cual se solemniza con la celebración eucarística en la festividad de San Juan Evangelista el 27 de diciembre y con la conmemoración de su martirio ante Portam Latinam el 6 de mayo, promover la hermandad entre los miembros de la Agrupación, procesionar las imágenes de San Juan Evangelista y el grupo del Santo Amor de San Juan, participar de los actos liturgicos y sociales de la Cofradía Marraja, así como la organización de los que le son propios, y realizar obras de caridad y ayuda a los necesitados.

Participa, por tanto, en las procesiones marrajas de Viernes y Sábado Santo, procesionando en la primera, la imagen que en 1942 realizara José Capuz, y en la segunda, el grupo – también de Capuz – del Santo Amor de San Juan en la soledad de la Virgen.

Son singularidades del tercio de San Juan su vestuario blanco y rojo, los hachotes a gas butano y la salida simultanea del tercio y el trono, en el momento en el que la banda de música comienza a interpretar la marcha.