El tercio de San Juan viste en la madrugada de Viernes Santo su tradicional vestuario formado por túnica de lanilla blanca y capa roja de raso.
San Juan, junto con la Virgen Dolorosa, parten de madrugada desde Santa María de Gracia por las calles del Aire, San Miguel, Campos, plaza San Francisco, Arco de la Caridad, Caridad, Don Roque, hasta la plaza de la Merced donde se “encuentran” con el Nazareno, que a su vez salió de la Pescadería del marinero barrio de Santa Lucia, donde, según la leyenda, desembarcó Santiago para, desde aquí, expandir por toda Hispania la luz del Evangelio.
Después del popular “encuentro”, la procesión se recoge por las calles Duque, San Francisco, Campos, San Miguel, Aire, Cañón, Mayor, y por Aire hasta la iglesia de Santa María, donde ya se está trabajando en el arreglo floral de los tronos que saldrán en la procesión del Santo Entierro apenas unas horas más tarde.
El tercio esta formado por el estandarte llevado por el sudarísta y acompañado de los 2 hermanos borlas, 36 alumbrantes, 8 evangelios, 2 suplentes y los 2 hermanos varas. Detrás de la banda de música y junto al trono, desfilan las madrinas.
El tercio viste túnica de lanilla blanca, con capuz de raso blanco, capa y manguitos de raso rojo, cíngulo de raso rojo bordado en oro con el emblema de agrupación, guantes y calcetines blancos de algodón, y sandalias de piel vuelta.
Los hachotes a butano lucen cabezales con 24 prismas de cristal.
El estandarte está bordado en oro y plata sobre terciopelo rojo y fue estrenado en el año 2006. En 2015 se restauró, incluyéndose el escudo de la Agrupación. Es réplica del que en 1935 se realizara en el Asilo de San Miguel.
Puesto que San Juan Marrajo nunca ha ensayado, en este tercio debutan y se forman los noveles sanjuanistas que más tarde podrán desfilar junto a su titular el Viernes Santo por la noche, en la procesión del Santo Entierro.
El trono que en el que San Juan acompaña a la Virgen Dolorosa en el “encuentro” con su hijo, el Nazareno, es el realizado por Juan Lorente en 1985, llevado por 105 caballeros portapasos, vistiendo túnica blanca con el emblema de la agrupación, cíngulo y manguitos de raso rojo, guantes y calcetines blancos de algodón y calzado negro.